医院内重点感染科室一般指哪些科室呢？

这要看你院的具体设置，您也可参照消毒技术规范13.1.3里边的内容。一些感染风险较高的科室我们都可设置为重点科室：手术室、透析室、介入室、ICU、供应中心、血透、口腔、内镜......，这些都是。

医务人员手卫生规范（WS/T 313-2009）（节选）
5.1.2 手术室、产房、导管室、层流洁净病房、骨髓移植病房、器官移植病房、重症监护病房、新生儿室、母婴室、血液透析病房、烧伤病房、感染疾病科、口腔科、消毒供应中心等重点部门应配备非手触式水龙头。
《医疗机构消毒技术规范》 (2012年版）
13.1.3感染高风险的部门地面和物体表面的清洁与消毒  感染高风险的部门如手术部（室）、产房、导管室、洁净病房、骨髓移植病房、器官移植病房、重症监护病房、新生儿室、血液透析病房、烧伤病房、感染疾病科、口腔科、检验科、急诊等病房与部门的地面与物体表面，
这两个规范都提到，供参考。